В последнее время появились и более сложные модификации, чем 9 на 9 клеток. Существуют судоку с размерами 15х15 или даже 16х16, предназначенные для опытных игроков.
Кроме того, есть судоку, в которых не указываются отдельные цифры, а только суммы цифр в группах клеток; то есть, само поле разбивается на прямоугольные блоки разных размеров и указывается сумма цифр входящих в каждый блок.
Ещё один вариант судоку, когда блоки не квадратные, а произвольной формы с тем же числом клеток. Для стандартного судоку 9х9 это блоки по 9 клеток.
Для детей используются судоку меньших размеров, например, 2 на 2.
Также существуют диагональные судоку. В них, в отличии от обычных судоку, поле не делится на меньшие квадраты. Требуется, чтобы в каждой строке, в каждом столбце и на двух максимальных диагоналях каждая цифра встречалось только один раз.
